Toute la philosophie est comme un arbre dont les racines sont la métaphysique. (René Descartes).
La métaphysique est la science qui recherche les conditions des états de conscience. Trois questions se posent alors :
-Les états de conscience pris dans leur ensemble, ont-ils une condition distincte d'eux, qu'on appelle l'âme ?
-Les états de conscience relatifs au monde matériel ont-ils une ou des conditions distinctes d'eux, qu'on nomme les corps ?
-Les états de conscience relatifs aux principes rationnels ont-ils une condition distincte d'eux qu'on appelle dieu ?
Mais la métaphysique ne cherche pas seulement si ces conditions existent : elle veut encore en déterminer la nature. Après avoir cherché s'il y a une âme, des corps, un dieu, elle en cherche l'essence, la nature, les attributs.
La métaphysique comprend donc trois couples de questions :
1) L'âme existe-t-elle ? Quelle en est la nature ?
2) Les corps existent-ils ? Quelle en est la nature ?
3) Dieu existe-t-il ? Quelle en est la nature ?
Nous avons étudié en psychologie la question de savoir si le monde extérieur existait, et ce qu’il était. Il nous reste donc seulement à traiter les questions touchant à l'âme et à Dieu. Pour cela voici la méthode que nous suivrons, méthode que nous est indiquée par la façon même dont nous avons posé les problèmes de la métaphysique. Il s'agit de voir si les états de conscience se suffisent à eux-mêmes ou s'ils n'ont pas besoin, pour être expliqués, de conditions extérieures. Nous devons donc partir des états de conscience et ne rien admettre qui ne soit nécessaire à leur explication. Notre méthode ne sera donc pas purement a priori, puisqu'elle partira des faits ; elle ne sera pas purement inductive, car elle ne cherchera pas seulement à généraliser les faits. Elle sera déductive, puisqu'elle déduira les conditions des faits préalablement posés.
